Una volta completata la configurazione dell’hardware e l’installazione del firmware, è possibile iniziare a creare i pool di archiviazione e i volumi per archiviare i dati e configurare gli account utente per controllare l’accesso ai dati. Per accedere e gestire i file tramite Internet, è possibile configurare un accesso remoto e abilitare il servizio myQNAPcloud per il dispositivo. Per garantire la disponibilità dei dati, è possibile eseguire il backup dei dati del NAS su diverse destinazioni usando varie soluzioni di backup.

Oltre alle funzioni di creazione, è anche possibile installare le applicazioni e acquistare le licenze software per aggiungere funzionalità al dispositivo. Per proteggere i dati da minacce alla sicurezza, è necessario svolgere delle azioni per impedire l'accesso non autorizzato, aggiornare regolarmente il software e usare utility di sicureza per proteggere il dispositivo QNAP.